최근 국세청이 종자업체의 해외채종에 대해 농업소득이 아닌 도매활동의 일부로 판단해 면세 조건에 해당되지 않는다는 이유를 내세워 막대한 세금을 징수하겠다는 방침이어서 종자업계의 공분을 사고 있다. 이와 관련 농림축산식품부 종자생명산업과도 해외 위탁채종이 종자업체의 정상적인 업무라는 공식 의견을 냈음에도 국세청이 소급 과세 방침을 굽히지 않아 우려하는 목소리가 커지고 있다.

최근 농우바이오는 정기 세무조사에서 2011년에 면제받은 법인세에 대한 추징금 37억4447만원을 11월 30일까지 납부하라는 국세청의 고지를 받았다. 농우바이오는 심지어 2011~2015년 5년 동안 면제받은 법인세 총 200억여원을 내년까지 납부해야 하는 상황에 처했다. 이에 농우바이오는 농업소득에 대한 세법 해석 이견에서 발생한 추징금이므로 국세기본법에 따라 조세불복심판 청구, 행정소송 등 적극적으로 대응하겠다는 입장이다. 

“해외위탁채종은 작물재배업…당연히 면세 대상”
업계ㆍ농민단체, ‘종자 및 묘목도매업’ 분류한 특허청 오류

한국종자협회(회장 이종우)도 이번 세금 징수의 부당성과 세금 징수가 국내 종자산업에 미칠 부정적인 영향에 대해 국세청과 기획재정부, 농림축산식품부에 탄원서를 제출했다. 종자업에서 원원종 및 원종 생산, 나종자(보급증) 생산까지의 전과정이 표준산업분류상 작물재배업에 포함되며 조세특례제한법에 근거해 법인세를 감면받을 수 있다는 주장이다.

한국농업경영인중앙연합회도 국세청은 종자업체에 대한 소급 중과세 방침을 즉각 철회하라는 성명서를 냈다.

지금까지 농업회사법인 종자업체들은 종자생산 매출 소득에 대해 조세특례제한법 제68조의 규정에 따라 법인세 감면을 받아왔다. 문제는 종자업체들이 원원종→원종→나종자(보급종) 생산으로 이어지는 일련의 과정에서 나종자(보급종) 생산을 위해 불가피하게 해외채종(위탁생산)을 하고 있는데, 이를 통계청이 ‘종자 및 묘목도매업’으로 분류한 것이 이번 농우바이오 소급 중과세의 발단이 됐다.

한농연은 성명서에서 “나종자의 해외 위탁생산은 종자업체의 전체 생산과정상 도급계약에 의한 ‘일의 완성’을 계약한 것이므로 민법상의 도급계약에 해당된다”며 “농산물의 계약재배에 의한 도매유통업이나 제조업에 있어서 해외 위탁 생산품을 매입·판매하는 도매업과는 그 성격이 완전히 다른 것”이라고 과세의 부당성을 지적했다.

이번 농우바이오 소급 중과세는 해외채종을 하고 있는 다른 종자업체들에게도 도미노 현상으로 나타날 가능성이 높기 때문에 과세 부과를 빨리 철회해 달라는 업계의 주장이 거세다.

한국종자협회와 한농연은 “농업인들이 막대한 로열티를 지급하며 종자를 확보하고 있는 현실을 타개하기 위해 우량종자 독자개발 등에 정부와 민간이 노력하고 있다”며 “국세청의 소급 중과세 방침은 골든시드 프로젝트 등 지금까지의 민관의 노력을 수포로 돌리며 심각한 부작용을 낳을 것”이라고 지적했다.

이은원 l wons@newsfm.kr